De vroege geschiedenis van het Rotterdamse diaconessenhuis is onlosmakelijk verbonden met de gezusters Elisabeth en Maria van Dam. Na hun kennismaking met het diaconessenwezen besloten beide zeer gefortuneerde dames tot de aankoop van een villa aan de Westersingel, en vroegen zij de medewerking van de Nederlands Hervormde predikant Johannes Riemens (1842-1908) om te komen tot oprichting van een diaconessenhuis.
Financiële problemen behoefden er niet te zijn, dankzij de toezegging dat zowel de verbouwingskosten als de aanloopkosten voor rekening van de initiatief-neemsters zouden zijn. Op 17 februari 1892 vond de constituerende vergadering plaats van het "Bestuur van het Nederduitsch Hervormd Diaconessenhuis te Rotterdam". Bij die gelegenheid werd besloten dat de verpleging zou geschieden "in de geest van, en in gehoorzaamheid aan het Evangelie van onze Heiland", hetgeen volgens de vergadering betekende dat het diaconessenhuis moest fungeren als "Protestantsch Christelijke Ziekenverpleging" die voor zieken van alle gezindten openstond.
Het ruime pand aan de Westersingel 111 bleek bij inspectie door de architect B. Hooykaas en Jean David Daubanton (1856-1931), die als medicus van het toekomstige huis was gecontracteerd, geschikt te maken voor opname van 20 a 22 patiënten, waarvan 14 derde-klassepatiënten, en voor de inrichting van een operatiekamer.
Bij de opening telde het gebouw behalve de kelder- en zolderruimtes vier verdiepingen: op de begane grond de dienstvertrekken en de "leer-en leeskamer" van de zusters, op de eerste etage drie ziekenzalen en de woning van de directrice, op de tweede etage twee zuster- en vier ziekenkamers en op de derde etage twee zusterkamers, de verband- en operatiekamer en twee badvertrekken.
In de tuin beschikte het diaconessenhuis over een barak voor besmettelijk zieken en een lijkenhuis. Uit alles blijkt dat men te Rotterdam vanaf de oprichting een volledig ziekenhuis wilde exploiteren; over wijkverpleging werd nauwelijks gesproken. Nog voor de verbouwing was voltooid werd zelfs al gesproken over de inrichting van een tweede operatiekamer, zodat de eerste volledig voor buikoperaties (laparotomieën) gereserveerd kon blijven. Dit voorstel kwam van de directrice Mw. Elisabeth Johanna Maria Baljon-Horkel (1841-1915?), een verpleegster uit het diaconessenhuis van Den Haag die ook op andere punten liet blijken goed op de hoogte te zijn van de moderne inzichten betreffende hygiëne en ziekenverpleging.
Na haar eerste bezoek aan het diaconessenhuis wees zij er het bestuur op dat de plafonds "door al de ornamentiek schadelijk zullen kunnen zijn met het oog op eventuele besmettelijke ziekten", dat het aanbrengen van douches wenselijk was en dat bij de bedden bellen moesten worden geïnstalleerd. De tweede operatiekamer kwam er voorlopig niet, maar op andere punten kreeg de directrice haar zin.
Op 28 september 1893 werd het diaconessenhuis officieel geopend tijdens "een intieme bijeenkomst" onder leiding van ds. Riemens. De achtergrond van deze bescheidenheid was een botsing van "clerikale en anti-clerikale sympathie", waarbij de vraag speelde of het diakonessenhuis wel "Nederduitsch Hervormd" mocht worden genoemd en of niet "het woord Diakonessenhuis eenvoudig alles zegt". Nadat in november 1893 ook de kerkeraad van de Nederlands Hervormde gemeente bezwaren had aangetekend, werd besloten om de kerkelijke benaming officieel te laten vervallen. Over eventuele binding met het diaconessenwezen werd verder niet meer gesproken. Pas in september 1897 vroeg het bestuur om informatie bij de "Kaiserswerther Bund"; twee jaar later werd tot aansluiting besloten, maar pas in 1901 werd dit verzoek gehonoreerd.
De verpleging lag in handen van proefzusters en leerling-verpleegsters, eerst zes, later in totaal 17. De opleiding werd verzorgd door ds. Riemens en dr. Daubanton. Aan de toelating waren hoge eisen verbonden, ook op materieel vlak, omdat men verlangde dat de zusters een bepaalde uitzet moesten meebrengen. Op die wijze werd voorkomen "dat wij zusters uit een te lage stand zouden krijgen".
Het verloop onder het verplegend personeel was groot. In januari 1895 riep Moeder Baljon de hulp in van het bestuur, omdat zij niet bij machte was de heersende "geest ... van ongehoorzaamheid en verzet" weg te nemen. Deze interventie had echter weinig succes. Van meer invloed bleek de plaatsing van een tweetal diaconessen uit het diaconessenhuis van Hamburg.
Toch verwierf het Rotterdamse diaconessenhuis binnen korte tijd een zeer goede reputatie als ziekeninrichting. Niet in het minst was dat te danken aan het optreden van Daubanton, die er bij herhaling blijk van gaf de ontstane concurrentieverhoudingen binnen het Rotterdamse ziekenhuiswezen nauwlettend te volgen. In februari 1893 had hij al toestemming gevraagd om een gedeelte van zijn spreekkamer in te richten voor de behandeling van ooglijders. Bij die gelegenheid vroeg hij bovendien nog in het diaconessenhuis een bad te mogen plaatsen "zoals onlangs te Berlijn is vertoont, ... waarin het water terwijl de patiënt in een bad zit, door verschillende openingen rondom in het bad naar binnen komt". De beslissing over dit laatste punt moest echter worden uitgesteld omdat Moeder Baljon zich verzette tegen het denkbeeld "om van het Diaconessenhuis al dan niet een badhuis voor huidziekten te maken". Of het speciale bad er is gekomen, is onduidelijk. Wel blijkt uit de verslagen dat het diaconessenhuis een zekere faam had vanwege de badtherapie die er werd geboden. In maart 1895 werd deze reputatie versterkt door de plaatsing van een "electrisch bad", dat echter minder bruikbaar bleek te zijn dan verwacht.
Hetzelfde enthousiasme toonde Daubanton in 1899 ten aanzien van de heilgymnastiek. Op zijn advies werd aan Gijsbertus Hendricus van Dissel (1866-1928) toestemming verleend "om 3x per week *s morgens van 8-9 polikliniek te mogen houden in ons Huis in massage etc. Voor het Medico-Mechanisch Zander-Instituut, dat een jaar tevoren in de Van Vollenhovenstraat (nr. 21) was geopend, was dit een belangrijke stimulans.
In maart 1895 kwam Daubanton, die inmiddels tot adviserend lid van het bestuur was benoemd, met "een geheel nieuw plan, namelijk om zoo spoedig mogelijk aan ons huis te verbinden een polikliniek". Haast was geboden, want bij geruchte had hij vernomen "dat eenige Doctoren een dergelijke zaak aan het Sanatorium willen verbinden". Omdat op de polikliniek ook mannen zouden komen, leek het Daubanton geen bezwaar om in het diaconessenhuis een afdeling voor mannen in te richten, al moesten er "met het oog op onze jonge zusters wel degelijk reserves in acht genomen worden". Tenslotte verlangde hij nog de inrichting van een operatiekamer.
Voor de uitvoering van deze veranderingen was uitbreiding van het gebouw noodzakelijk. De toezegging van mw. Van Dam "dat hetgeen in het waarachtig belang der Inrichting is, om finantiên wil niet behoeft achterwege te blijven", gaf het bestuur eind mei 1895 de mogelijkheid tot uitbreiding over te gaan.
Dat inderdaad weinig op geld werd gelet bewijst de inrichting van de operatiekamer, waar men - evenals in het Coolsingelziekenhuis en het Sophia Kinderziekenhuis - glas- en marmerplaten toepaste en de vloer van terrazzo voorzag; en blijkt verder uit de installatie van een verwarmingssysteem door middel van hete lucht en de aanleg van electrische verlichting.
In november 1896 werd de nieuwe vleugel geopend. Behalve de polikliniekruimte, een tweede operatiekamer en een mannenzaal derde klasse kreeg het diaconessenhuis hier tevens de beschikking over extra zusterkamertjes. Het totaal aantal bedden bedroeg toen 35.
De benoeming van mw. M.R. van Hoytema tot hoofdzuster van de polikliniek en operatiezuster confronteerde het bestuur in maart 1896 met het probleem van de Doleantie, de afscheiding van de "gereformeerden" uit de Nederlands Hervormde kerk.
Vooral de voorzitter ds. Riemens meende bij herhaling tegen de invloed der Dolerenden protest te moeten aantekenen. Ondanks de invloed die hij zelf tijdens de verplichte catechesaties op de leerling-zusters kon uitoefenen, nam het aantal Dolerenden onder het verplegend personeel toch gestadig toe, zodat in maart 1897 werd besloten niet langer toe te staan dat zusters van kerkgenootschap veranderden.
Afgezien van de spanningen die deze kerkelijke richtingen onder het personeel veroorzaakten, had de confessionele kleur van het diaconessenhuis weinig invloed op de toeloop van patiënten. In december 1897 rapporteerde de voorzitter dat "tegenwoordig veel catholieken zich aanmelden tot opname in ons huis als klasse-patienten".
In november 1900 werd tenslotte besloten tot de bouw van een groot nieuw ziekenhuis, dat ontworpen werd door architect B. Hooykaas, "in overleg met Moeder Baljon" Deze nieuwbouw werd in 1904 voltooid.
